История компании берёт своё начало в далёком 1995 году. Между ОАО «Кыргызнефтегаз» и ОсОО «ПетроКыргызстан» (Джерси) была достигнута договоренность о создании совместного предприятия ЗАО «Кыргыз Петролеум Компани». Доли акции между участниками данной сделки распределились 50/50. После подписания инвестиционного соглашения с Правительством Кыргызской Республики в декабре 1995 года, иностранный инвестор выделил средства для финансирования обязательств по инвестиционному соглашению, включая первоначальный вклад для строительства нефтеперерабатывающего завода (НПЗ) и разработки нефтяных месторождений. Строительство НПЗ в городе Жалал-Абад началось в январе 1996 года, и было завершено в установленные сроки — в сентябре 1996 года. Торжественное открытие нефтеперерабатывающего завода ЗАО «КПК» состоялось 6 октября 1996 года.

В июне 1996 года Компания начала разработку месторождений с использованием специального оборудования, необходимого для данной деятельности в Кыргызской Республике. Предварительная техническая оценка месторождений показала, что гидравлический разрыв нефтенесущих пластов является наиболее эффективным и выгодным методом по улучшению добычи нефти. Исследования 21 нефтяной скважины начались в октябре 1996 года. К концу 1996 года, инвестор полностью выполнил обязательства по вложению объема средств, и продолжал вкладывать средства в развитие НПЗ и месторождений.

Также были установлены дополнительные резервуары и погрузочное оборудование для НПЗ. В целях  увеличения октанового числа производимого бензина, в 1998-2001 годах на заводе проведены новые технические усовершенствования. Это было связано с увеличением количества импортируемых Кыргызстаном современных машин иностранного производства.

В 2012 году Компания приостановила деятельность по добыче нефти из собственных скважин и сконцентрировала свое внимание на переработке нефти и других видов сырья.6 ноября 2012 года для компании стало исторической датой. В этот день были полностью оформлены все необходимые документы по покупке ОАО «Кыргызнефтегаз» 50% акций принадлежащих «Петро Кыргызстан ЛТД». Таким образом, ОАО «Кыргызнефтегаз» стал единственным акционером ЗАО «Кыргыз Петролеум Компани».

После приобретения ЗАО «Кыргыз Петролеум Компани», ОАО «Кыргызнефтегаз» стал единственным предприятием, которое имеет законченный цикл производства, начиная от геологоразведочных работ и добычи нефти и заканчивая производством и реализацией нефтепродуктов. Вместо иностранных специалистов, которые прекратили свою работу в компании, был набран штат новых местных специалистов, имеющих достаточные знания ипрактику. Сотрудниками предприятия в марте 2012 года создана «Первичная профсоюзная организация», которая зарегистрирована в Минюсте в 2016г., и в настоящее время стала самостоятельной общественной профсоюзной организацией, входящая в Ассоциацию профсоюзов ОАО «КНГ».

Проводятся меры по модернизации производства. Перед Компанией ставятся смелые задачи и разносторонний комплекс мер по развитию предприятия. Компания и в дальнейшем собирается прилагать все усилия направленные на эффективное производство продукции и динамичное развитие предприятия с учетом современных требований и изменений в нефтеперерабатывающей отрасли, повышение качества и тесное сотрудничество с партнерами.